之所以使用真空干燥，其主要目的在于“低溫干燥”，因為提高真空度可有效降低液體沸點，從而使固液分離速度加快，而指定的干燥溫度是該固液混合物中液體在標稱真空度下的佳蒸發溫度，提前升溫對于加快蒸發速度沒有特別大的正向作用，反而會導致熱量浪費和混合物受熱時間過長等問題。
而且，對于有內部攪拌的干燥器，由于抽真空時可導致混合物內部發生輕微崩裂，有利于避免干燥結球，而未抽真空升溫甚至開始攪拌的話，有可能會導致大范圍的結球現象。
如果先加熱再抽真空的話，真空泵從工作室內吸進的氣體是膨脹后的熱氣，一個會對真空泵損耗加劇，二會使得箱內真空度到不到，擺放的樣品可能會被氧化。
再使用后如果沒及時移開真空泵跟箱體連接的硅膠管，很容易造成倒吸。即使負壓表回復到零后箱門很難打開.
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